"Phylogenetic Trees Made Easy", 3. Auflage

Rezensionen und Diskussionen zu Fachartikeln und -büchern.

Moderator: Forenteam

Gesperrt
domino
Mitglied
Beiträge: 6474
Registriert: So Nov 28, 2004 13:13

"Phylogenetic Trees Made Easy", 3. Auflage

Beitrag von domino » Sa Okt 11, 2008 23:44

heute mal ein Buch, welches ansich als "Kochbuch" für die Erzeugung von phylogenetischen Bäumen mit PAUP galt, zumindest in der 2. Auflage (siehe dazu auch >hier<.
In der 2. Auflage war sogar noch eine CD dabei, auf der sich eine Demo-Version von PAUP 4b10 befand, die alles konnte, aber laufzeitbeschränkt war. Im Buch selber wurden die verschiedenen Methoden (max. parsimony, max. likelihood, bootstrap etc.) behandelt, aber für meinen Geschmack nur sehr oberflächlich. Auch die gezeigten PAUP-Nexus-Skripte waren eher dürftig!

Die 3. Auflage enthält keine CD mehr, und stützt sich auch kaum noch auf PAUP (welches eh kostenpflichtig ist ~80 Euro). Diese Auflage nimmt das freie Programm MEGA 4 unter die Lupe und behandelt die phylogenetischen Analysen hauptsächlich mit diesem Programm. Allerdings werden auch andere Verfahren, die MEGA nicht bietet (Max. likelihood; Bayesian etc.), sowie auch in MEGA nicht verfügbare Nukleotidmodelle (GTR, HYK85 etc.) behandelt. Das Buch macht einen guten Eindruck, es ist von Grund auf überarbeitet worden und zeigt den Umgang mit MEGA 4, wie es bisher noch nicht in einem Buch (auch nicht in dem vorher von mir genannten "Gene und Stammbäume") zu finden war. Insofern ein guter Ansatz! Allerdings ist auch diese Auflage wieder etwas oberflächlich, denn wenn man tiefer in die Materie einsteigen will (z.B. Partitioned Branch Support, Parsimony- und Likelihood Ratchet, o.ä) wird man hier nicht fündig. Auch wenn man z.B. bei Max. parsimony Analysen an seine Grenzen stößt (z.B. durch Homoplasie etc.) hilft das Buch nicht weiter.
Meiner Meinung nach ist das Buch gut geeignet zum Lernen und für nette Spielereien, dem fortgeschrittenen Leser kann ich es aber nicht empfehen, da nehmt lieber "Gene und Stammbäume"!
!
Anmerkung von Forenteam:
Diese Diskussion wurde geschlossen, da sie länger als zwei Monate nicht fortgeführt wurde. Sollten Sie dieses Thema weiter diskutieren möchten, öffnen Sie bitte eine neue Diskussion.
*Section editor, Herpetoculture, Herpetological Review
*Member of the IUCN Boa & Python Specialist Group
*Referenzliste der Pythonidae

Gesperrt